本套丛书以流传稀少、学术价值较高、以及研究工作实用为标准，选取明清及民国时期的丛书100部，删除各丛书相重复以及与《丛书集成初编》相重复的书，共收古籍3200余种，所收各书按原书影印。在编排上，用传统的四部分类法，按经、史、子、集分类编排。在四部分类之后，另立“别录类”，以安排子目中集多种不同著作而成的小丛书。
