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1199年，源赖朝去世。源赖朝死后，幕府政权被他的妻子北条政子和岳父北条时政掌握。自此幕府政权中将军成了摆设，实权则被北条氏世袭的执权所领导。1219年，北条义时唆使源赖家遗子源公晓暗杀源实朝，随后借此杀害源公晓，源氏家族绝嗣，北条政子成为最高统治者，并拥立与源氏有血缘关系的藤原赖经为将军。1221年，后鸟羽上皇策动倒幕战争，史称“承久之乱”，但以失败告终。承久之乱后，公家政权开始衰落，武士阶层得到了前所未有的发展。但是镰仓幕府的稳定局面没有维持多久，中日两国的元日战争加速了镰仓幕府的衰退与覆灭，并加深了公家与武家的裂痕。1318年，后醍醐天皇即位，决心恢复皇室权威，废黜院政，开始亲征。1331年，后醍醐天皇再次密谋倒幕，后被幕府军打败，史称“元弘之乱”，后醍醐天皇被流放，第二次倒幕运动失败。1333年，各地豪族都开始倒幕，幕府派足利高氏（足利尊氏）前去平乱，足利高氏早已不满北条氏专制政权，途中倒戈，攻下了镰仓，最后一代执权北条高时自杀，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇退位后败走吉野，日本进入南北朝时期。