本书主要包括许倬云序言、作者自序、上编（科学传统的建立）、中编（科学史学的转折，1960年代中期至1987年）、下编（当代台湾史学的发展，1987年至2000年）、补编（2000年以来台湾史学的变化趋势）等部分。
