《本草求真》在药物分类上采取了细致而系统的编排方式。作者首先将气味相近的药物归为一类，例如具有补火功效的药物归为一类，滋水功效的药物归为另一类。这种分类方式使得全书中的520种药物被清晰地分为补、涩、散、泻、血、杂以及食物七大类。除了食物类外，其余六大类又被进一步细分为若干子目，并对每种药物进行了编号，以便读者查阅。