二十一世纪初期，潜伏于地底的谜之凶暴生物“宁恩”自长久的休眠中醒来，向人类大举进攻。在这场斗争之中，没有休战、没有投降、没有俘虏，只有盈满绝望、疯狂与杀戮的死斗。当这首惨烈交响曲正式画下休止符时，人类文明几近崩坏。纵然如此，人类却没有放弃希望，重新构建起曾经的“伊甸园”。通过长久以来的不辍努力，得以苟延残喘的人们，终于收敛住在这场空前灾难中破溃的疮口。为坚守人类最后的希望以及夺回在“大战灾”中失去的一切，被称为“树不子”的少年少女们毫不犹豫地踏入圣瓦尔基里学园的大门。今宵，英雄与战姬们的歌剧，就此拉开帷幕。