这种“重构”涉及一系列的相应变化：在形上学、宇宙论方面有日本学者山下龙二所说的理气一元的“气的哲学”的出现，在本体论上有心性二元的瓦解，在知识与修身论上有人心、道心二心说的崩溃，在语言观上，则因对于名实之间关系的反思而产生一种与释、道、古典儒家均不相同的“神秘怀疑论”。