小说主要讲述了于谦利用自己的聪明才智与凶手斗智斗勇、破案擒凶的故事。 故事分为：玉海棠、白鲸会、千岁塔、明月楼、云霞镇和番外的推恩令共六个单元，每个单元都是独立的案件和故事。其中第一案《玉海棠》讲述了蒙古人红云与古河的恋情下的悲剧，《白鲸会》则讲述了身为白鲸会盟主的韩彬与大明朝之间的恩怨，而第三案《千岁塔》牵扯到皇亲贵胄的身份之谜，《明月楼》则涉及到锦衣卫的秘密，《云霞镇》的故事是王爷府中的明争暗斗，番外的《推恩令》里于谦则通过设局揭露了黑星社的阴谋。