玛丽在印度的一次霍乱中失去了父母，后被送到舅舅克兰文的庄园里。玛丽在无意中发现了死去舅妈的花园钥匙，从此，这座被尘封十年的花园成为了玛丽的秘密花园。玛丽在房子里发现克兰文儿子柯林，他因病魔缠身而不能行动。后来，柯林在玛丽和迪肯的陪伴下开始坐轮椅去秘密的花园游玩。他们在花园里播种、拔草、嬉戏，竟奇迹般地使柯林站立了起来。克兰文周游世界后回家了，看到了摆脱病魔的儿子激动不已，而玛丽也已成为他家庭中的一员。