10岁的女孩玛丽，自幼家境优越，但她的父母忙于工作应酬，忽视对孩子的陪伴关爱，导致玛丽性格孤僻固执，脾气暴躁爱使小性子。在—场突如其来的灾难中，玛丽成了孤儿，从此寄养在她阴郁古怪的姑父家。姑父家是一栋古老的大庄园，平时只有女仆陪着玛丽，玛丽经常无所事事，很快就感到厌烦，有时三更半夜还会听见奇怪的哭声。玛丽始在庄园偷偷探寻，结果发现一个卧病在床的奇特男孩，脾气比自己还要暴躁。一次偶然的机会，玛丽意外找到了庄园里一座荒废的秘密花园。在一只小小的知更鸟的带领下，玛丽找到了花园的钥匙，她决心凭借一己之力救活花园。与此同时，两个孩子也找到了快乐成长的秘密，他们的命运发生了不可思议的改变……