《肇论》共一卷，计五篇：《宗本义》《物不迁论》《不真空论》《般若无知论》《涅槃无名论》。《宗本义》是一篇叙述性质的文章，概括了全书的大意。《物不迁论》发挥般若性空思想，从时间和空间角度，论证世界万物看似变化，实际上并没有真正发生变化，变化着的事物只是一个假相，“若动而静，似去而留”。《不真空论》则从正面阐述了般若性空的思想学说，认为世界万物是由因缘合和而成，所以虽无而有，虽有而无，非有非无，称之为“空”。《般若无知论》着重论述佛教的般若智慧无知无相，却又无所不知，洞照万物。《涅槃无名论》重点论述佛教的最高精神境界“涅槃”的无生无灭，绝言忘相，有九折十演，假托“无名”和“有名”互相对话，一问一答，构成全论。 僧肇在《肇论》中以非有非无，即有即无，有无双遣的般若中道观，完整地阐述和发挥了大乘佛教般若性空的思想，把魏晋以来般若学的发展推向了一个新的高峰。至此，魏晋时盛行的佛教般若学完成了它自身的发展过程。自晋宋以后，涅槃佛性思想兴起，取代了般若学，成为佛教义学讨论中的中心问题。