东京上空惊现五架飞行圆盘，引发全城轰动，后续更有樵夫声称在丹泽深山目睹圆盘坠落，以及长翅膀的蜥蜴怪人现身。少年平野的好友北村意外失踪，归来后声称被外星人囚禁一月，揭露怪人戴银假面、能飞行潜水，还意图掳走平野的小提琴家姐姐百合。名侦探明智小五郎与少年侦探团介入调查，发现怪人频繁伪装成人类在东京出没，还掳走多名学者与珍贵文物。众人设下混凝土地下室陷阱，却被怪人用诡异的手段逃脱。