全书分为：医经、本草、食治、养生、藏象病机、诊法、明堂经脉、伤寒、金匮、温病、临床综合、方书、内科、外科、骨伤科、妇产科、儿科、喉科、眼科、法医附兽医、医案、医话医论、丛书类书、史传书目、运气、其他，共26门，搜集载录古医籍3374种，现存2937种，辑佚52种，残阙73种，未见312种，亡佚7种，较《中国医籍考》新增2260种，涉及撰作、编撰、校勘、出版者1263人。书籍名用通用名，并标明医籍卷数和作者对书籍的工作，内容精简扼要，多采取节录的方式，书后附书名索引和著者索引，以便读者查阅。