《石头记索隐》虽非鸿篇巨制，但在红学研究史上具有独特的地位。蔡元培的《石头记索隐》是旧红学中的主要流派索隐派的最后一部重要论著。虽然索隐派随着新红学的兴起而日渐式微，但正是此文引发了胡适的《红楼梦考证》一文的诞生。作者在书中逐条分析了《石头记》中人事物等的影射内容，具有参考价值。