《水浒后传》承接《水浒传》故事。阮小七弃官后前往梁山泊祭奠宋江等人，却被蔡京旧部张干办盯上并捉拿，愤怒之下，他杀了张干办，带着母亲出逃，途中与孙新、顾大嫂相遇。以此为开端，原本散落在各地的梁山好汉们纷纷现身。他们因难以忍受奸臣恶霸的欺压，再度揭竿而起，在登云山、饮马川等地啸聚。与此同时，隐居太湖的李俊与花逢春、乐和等人，也在与湖霸、贪官展开斗争，因发展受限，李俊效仿古人出海寻求新机遇。不久，金兵南侵，汴京沦陷，徽、钦二帝被掳。李应、呼延灼等英雄以报国勤王为使命，加入抗金阵营，抗击金兵的同时，还处死了蔡京、高俅等四大奸臣。最终，他们突破金兵重围，出海与李俊会合，并拥立李俊为暹罗国主。