春假期间，小林芳雄带领井上、野吕前往长野县矢仓温泉旅行，却听闻当地流传“天空魔人”的传说——云会伸出巨手掳走家畜、庄稼，甚至人类。不久，农家少年幸太郎被掳至高空后抛在树梢，一列货运列车的贵重艺术品专用车厢也凭空消失，更让传说愈演愈烈。这场看似超自然的诡异事件，实则是精心策划的盗窃案。最终，少年侦探团凭借智慧揭开了“天空魔人”的真面目……