本书提出三个大问题。第一个是科学的源头问题。作者认为，科学的源头在希腊，要真正理解科学，就要正本清源，否则源流不清，本末倒置，就可能彻底错失了科学。第二个是对当代科学的评价问题。作者认为，评价科学之前，要对科学的结构有认识，要先思考现代科学里面蕴含的理论预设的哲学前提，在这方面，作者更多地是借助西方已有研究成果来反思这个问题，唤起人们对近代科学起源的人士。第三个问题是如何评价中国文化中的科学部分。作者认为，这一问题关乎对中国人当前处境的认识，作者通过冷静客观地分析中西文化的区别，揭示出当代中国人的窘况，旨在思考在当下中国文化怎么推陈出新，怎么发挥出它特有的引领人类文明发展的作用，进而反思思考中国文化的当代命运问题。