本书叙述了这样一个故事：一场霍乱使性情乖戾的玛丽成了孤儿，她只得被送往远在英国约克郡的克莱蒙庄园生活。玛丽意外地在知更鸟的帮助下找到这个秘密花园的大门和钥匙，并认识了男孩柯林。在玛丽的帮助下，柯林感觉到了生活的温暖，在秘密花园里学会了奔跑和大笑。大自然的力量改变了一切，长年笼罩在阴霾之下的古老庄园及其主人也一同获得了新生。