少年沟口，天生结巴，自幼孤僻，热爱金阁。父亲去世后，他遵照遗愿成为金阁寺的僧人。正值战争期间，他终日幻想金阁将毁于空袭，但战争却自始至终没有波及京都。在学校，他结交了好色成性、脚有残疾的柏木。在接连遭遇好友鹤川死亡、住持不雅风波后，他终于在一个雨夜将金阁付之一炬。或许，每个人的心中都有一座金阁。里面装着极度渴望的梦想和执念。当这些梦想和执念或许也是一种美。因为向往美，所以想把它毁掉。