《柳如是别传》主要内容包括缘起、河东君最初姓氏名字之推测及附带问题、河东君与[吴江故相]及[云间孝廉]之关系、附：河东君嘉定之游、河东君过访半野堂及其前后之关系、复明运动、附：钱氏家难。每一章都详细分析论证。本书是国学大师陈寅恪先生所有著述中影响最大的一部。