生化战争并没有结束，而是刚刚开始。汤姆少校带领雇佣兵与污染企业相互勾结，建造隐蔽的地下工事。 一次偶然的机会，少年特战队误入地下工事，关悦被雇佣兵俘获，不幸成为雇佣兵制造生化战士的试验品。为了解救关悦，摧毁雇佣兵的生化实验室，保护自然环境，一场新的战斗打响了。