《南明史：1644—1662》的目的是回答“明朝为什么会灭亡”这一问题。由此出发，作者司徒琳所讨论的是明朝世袭君主统治失陷后18年的历史进程中所映射出来的溃败根源。 书中通过大量的史料梳理，主要把明朝由强变弱的原因归结为“文武之间无法取得统一和协调”“大臣们在如何作为皇帝的辅弼问题上陷入了困境”。作者同时注意到以上两点并不是仅有的两个把明朝引入灭亡的原因，近代经济变迁的也是原因之一，但朝廷内部冲突造成抵制外力的失败仍是明朝灭亡主要的原因，而这内部冲突的根源，在朱元璋太祖从一开始设计官僚制度时就已埋下。随着时间推移，文官内部的党派纷争、在外武官战斗力沦为平庸，内忧外患，大厦将倾。