《金刚顶瑜伽念珠经》讲述了念珠的珠数分类，如 1080 颗为上品、108 颗为最胜等，还阐述了数珠各部分代表含义，以及不同材质数珠对应的功德和密宗五部等内容，指导信徒正确使用念珠修行，通过持珠念诵获得功德、灭除烦恼。