穿越至火影的战国时期，成为宇智波一族三把手的宇智云，表示已经受够了这个时代。 因为初代火影千手柱间和宇智波斑的握手言和，建立忍村，才将忍者世界带入了新时代，忍者世界也第一次摆脱了无限制的战乱与恐惧。 但是，战国时代，仿佛有一只黑手操控着幕后的一切，无数历史事件疑点重重。 猿飞日向一族为何主动认输加入木叶？宇智波斑是否亲手杀了弟弟？木叶所有家族的查克拉为何都对一个盒子起了反应？ 木叶64年，漩涡鸣人、宇智波佐助等九人从忍者学校毕业，宇智波云的大量卷轴被曝光。 【辉夜必须铲除，我要让全世界再无大简木一族，这件事情就交给鸣人和佐助办了，在那之前，我得确保他俩的诞生。】 【尾兽，不过是大一点的玩具罢了，我创造了一种新的生物，他可以让所有人的查克拉消失。】 【很好，宇智波一族完全受到了我的掌控。】 【神树？这棵树就不应该存在。】 【天下无敌？天上来敌！】 解读到最后。 众忍者这才发现，宇智波云布下了惊天之局！