尤吉欧终于与从小追寻的少女爱丽丝重逢了。但是，从这个爱丽丝身上，已经完全看不到当年卢利特村那个女孩的影子。爱丽丝是为了逮捕破坏了禁忌目录的桐人与尤吉欧而来，她已经没有了幼年的记忆，并称自己是整合骑士。桐人和尤吉欧被关进了“公理教会”之象征“中央大圣堂”的地下牢房，因为桐人的聪明才智，两人才得以逃脱。知道桐人是“外部”人类的神秘少女卡迪纳尔帮助了他们，两人为了让爱丽丝恢复原样，向塔的顶点进发！但是，“整合秘仪”所制造的超强战士们，挡在了桐人和尤吉欧的面前！