某些药物可以治疗某些疾病，但对胃肠道却有不利影响，临床上把由于药物引起的胃肠道疾病叫做药物性胃肠道反应或药物性胃肠道疾病，如癌症病人化疗时的胃肠道反应，阿司匹林、消炎痛等药物引起的药物性胃炎。某些药物的服药方法不当，亦可以引起明显的胃肠道反应，如甲硝唑、红霉素等应该在餐后半小时服用，如长期用抗生素所致的肠道菌群失调性腹泻。