佩塞纳河上，巴黎岸边，那艘停靠了21年的书船突然起航了。书船主人佩尔杜先生有口皆碑，他独自经营着这家叫“水上文学药房”的书店，自称“文学药剂师”。他与人为善，又个性执拗，会通过眼睛、耳朵和直觉，辨别出每一个灵魂所欠缺的东西，再把自己视为“解药”的书卖给对方。他以书为药，相信唯有文学才能治愈人心。